Testes para micotoxinas podem ser realizados por uma variedade de métodos qualitativos ou quantitativos. Entretanto, a análise de micotoxinas em silagens pode ser um desafio mesmo para os laboratórios mais experientes, devido à natureza complexa da matriz de silagem, que contém muitas interferências potenciais que podem ser extraídas com as micotoxinas. A maioria dos métodos analíticos e kits de teste não podem ser aplicados à silagem.