Marcadores moleculares são frações do DNA, que estão próximas a genes que condicionam características de interesse zootécnico ou econômico. Essas frações se tornam "marcadores" quando suas associações com essas características são comprovadas, num processo conhecido como "validação". Ao contrário do que ocorre com as DEPs, o conhecimento desses marcadores nos permite conhecer, com grande precisão, o potencial genético de determinado indivíduo ou mesmo rebanho para a característica em questão e assim anteciparmos as tomadas de decisão sob os pontos de vista de seleção e manejo, ganhando tempo e acelerando o ganho genético.